超聲內鏡檢查疼，可能是由于患者對疼痛比較敏感，不能耐受檢查所引起，也可能是因為患者本身患有胃部疾病、膽道疾病、胰腺疾病導致。建議根據不同的病因，在醫生的指導下進行治療。

1、患者對疼痛比較敏感：超聲內鏡是指在內鏡檢查時，在內鏡頭端裝有微型攝像頭，通過口腔、食管、胃、十二指腸，以及結腸等器官后，對病變進行檢查的一種檢查方式。由于檢查時需要將病變組織切除、刮取后進行病理檢查，因此會對病變部位造成一定的損傷，如果患者對疼痛比較敏感，可能會出現超聲內鏡檢查疼的情況。此時建議在檢查時盡量放松心情，不要過于緊張，可以在檢查前適當涂抹利多卡因凝膠麻醉，從而緩解疼痛;

2、胃部疾病：若患者本身患有胃部疾病，如胃炎、胃潰瘍等，由于胃黏膜本身存在損傷，若此時進行超聲內鏡檢查，可能會加重胃黏膜損傷，引起疼痛加重的情況。此時建議在醫生指導下，服用奧美拉唑腸溶膠囊、枸櫞酸鉍鉀片等藥物進行治療;

3、膽道疾病：超聲內鏡檢查可以明確膽道是否有結石、腫瘤等疾病，若患者本身患有膽道疾病，由于局部神經較為豐富，在進行超聲內鏡檢查時，可能會出現疼痛感。此時建議在醫生指導下，服用消炎利膽片等藥物治療，若病情較為嚴重，可以遵醫囑通過手術取出結石或者切除病變組織;

4、胰腺疾病：如果患者本身患有胰腺疾病，如胰腺炎等，由于胰腺組織受損，在進行超聲內鏡檢查時，也會出現疼痛癥狀。此時建議遵醫囑禁食、禁水，進行靜脈營養支持治療，可以有效緩解疼痛。